La República comparte la isla de Borneo con Malaysia y Brunei. También comparte la isla de Nueva Guinea: la sección occidental, conocida con el nombre de Papúa (Irian Jaya), se haya bajo el gobierno de Indonesia y la parte oriental bajo el de Papúa-Nueva Guinea. Desde 2002, la parte oriental de la isla de Timor pasó a conformar un nuevo Estado: Timor Leste. Las fronteras marítimas de Indonesia son el mar de la China meridional, el mar de Célebes y el océano Pacífico al norte, y el océano Índico al sur y al oeste. El país posee una superficie de 1.904.570 km². La capital y la mayor ciudad de Indonesia es Yakarta.Una extensión de agua relativamente abierta (formada por los mares de Java, Flores y Banda) divide la mayor parte de las islas de Indonesia en dos hileras desiguales de islas: al sur, las islas (comparativamente largas y estrechas) de Sumatra, Java y Timor entre otras, y al norte, Borneo (Kalimantan), Célebes (Sulawesi), el archipiélago de las Molucas y Nueva Guinea.
El clima de Indonesia es tropical, con dos estaciones monzónicas, una estación húmeda que se prolonga desde noviembre hasta marzo y una estación seca de junio a octubre. El clima es más moderado entre ambas estaciones. Las zonas meridionales del país presentan escasas diferencias entre la cantidad de precipitaciones que tienen lugar en la estación seca y en la húmeda. La humedad es por lo general elevada, con un promedio anual en torno al 80%; la temperatura diaria (cuyo promedio en Yakarta oscila entre 26 y 27 ºC) apenas fluctúa de una estación a otra. Las precipitaciones en las tierras bajas alcanzan de 1.780 a 3.175 mm anuales de promedio y en algunas regiones montañosas llegan a los 6.100 milímetros.
La vegetación característica de la selva tropical predomina en las tierras bajas septentrionales de Indonesia. Los manglares y la palmera nipa dominan en el bosque de las tierras bajas meridionales. La fauna característica del archipiélago Malayo se da por igual en Java, Sumatra y Borneo, pero hay especies propias de cada isla; el orangután sólo puede verse en Sumatra y Borneo; el tigre, en Sumatra y Java; el buey salvaje, en Java y Borneo; el mono narigudo (násico), sólo en Borneo; el elefante, el tapir y el siamang (gibón negro), sólo en Sumatra. En el sur, en Célebes y Molucas, se encuentran tanto los tipos de fauna australiana como los asiáticos. Sin embargo, en la fauna de Timor predomina el tipo australiano, con el cuscus, un marsupial. En todas las islas abundan las especies de aves, reptiles y anfibios.
Los indígenas de Indonesia tienen un origen predominantemente malayo. Los grupos étnicos más diferenciados son los javaneses y los sondaneses —que viven, sobre todo, en Java y Madura—, los balineses, en la isla de Bali, y los bataks en Atjehnese, en Sumatra. Otros grupos minoritarios distribuidos por las islas son una veintena de etnias malayas, varios millones de chinos y otros habitantes de origen asiático. El número de holandeses, que se estimaba en torno a 60.000 a finales de la década de 1950, ha descendido a menos de 10.000.
La Constitución garantiza la libertad de religión. El islam en sus diferentes manifestaciones es la fe de más del 85% de la población. Entre los demás grupos religiosos se pueden señalar la presencia de más de 17 millones de cristianos, sobre todo protestantes, y más de 1,5 millones de budistas, la mayoría de origen chino. El hinduismo, que en el pasado tuvo una gran importancia, está confinado a la isla de Bali.
En Indonesia se hablan más de 100 idiomas, pero, entre las lenguas indonesias, la oficial y más hablada es la bahasa indonesia. De origen malayo, fue durante mucho tiempo la lengua de los comerciantes de las ciudades costeras, y posee elementos del chino, del indio, del holandés y del inglés.
A pesar de que Indonesia es uno de los primeros países exportadores de petróleo, estaño y caucho del mundo, la mayor parte de su población continúa vinculada a la agricultura de subsistencia, a la pesca y a la explotación forestal. Los negocios o las empresas industriales en manos de indonesios fueron tradicionalmente pocos, y la producción se centraba en artículos para la exportación. A comienzos de la década de 1960, el gobierno, para corregir el balance de una economía colonial, nacionalizó las empresas extranjeras. Con las políticas de estabilización gubernamentales y con grandes sumas de dinero procedentes de las ayudas del exterior, la economía indonesia, que casi cayó en la bancarrota antes de 1966, comenzó a mostrar síntomas de una fuerte recuperación. En el marco de esa política de estabilización, se estableció un plan de cinco años (de 1979 a 1983), que tenía como objetivos aumentar las oportunidades de empleo, incrementar la producción de alimentos, establecer una distribución de la riqueza sobre bases más igualitarias y alcanzar un promedio de crecimiento económico anual del 6,5%. El plan de cinco años para 1984 a 1989 tuvo un objetivo de crecimiento anual más modesto, el 5%, ya que el descenso de los precios de los principales artículos de Indonesia forzó al gobierno a bajar el listón de sus aspiraciones. El presupuesto anual estimado para 2004 presentaba 43.287 millones de dólares en ingresos y 47.169 millones de dólares de gastos.
La nueva rupia, que tiene un valor equivalente a 1.000 rupias antiguas, ha sido la unidad monetaria oficial de Indonesia desde 1965 (9.159,30 rupias equivalían a 1 dólar estadounidense en 2006). El Banco de Indonesia es el banco central del país.
En los valles de Solo y del río Brantas, en Java central, se encontraron los restos de una de las más antiguas formas de vida humana (Pithecanthropus erectus u Homo erectus, también denominado Hombre de Java), aunque a partir del paleolítico y del mesolítico hay pocas huellas de vida humana. Sólo se han encontrado toscos utensilios y herramientas como hachas rectangulares y pinturas rupestres en las islas orientales. Las grandes migraciones, que tuvieron lugar durante mucho tiempo en Asia suroriental, hicieron que en el archipiélago se fusionaran más de cien formaciones lingüísticas y étnicas distintas. Sin embargo, entre los grupos de la costa y los del interior podían detectarse diferencias significativas. Probablemente, ya hace 2.000 años los habitantes de la costa habían desarrollado el cultivo de arroz en campos irrigados (sawah), pero hasta hace poco mucha población del interior dependía todavía de la agricultura itinerante de talado y roza (ladang). El bronce se introdujo en el archipiélago hacia el 300 a.C. desde el norte de Vietnam, Tailandia o China; a partir de entonces se trabajaron tanto el bronce como el hierro. Antes de la penetración de la influencia cultural india, que tuvo lugar en los primeros siglos de la era cristiana, la mayor parte de la población de las islas vivía en grupos políticos que raramente superaban las unidades tribales de base familiar. Las expresiones culturales como el teatro wayang kulit (títeres), la orquesta gamelán y la técnica del batik pueden también proceder de las influencias indias.
El comercio entre el golfo de Bengala e Indonesia se inició probablemente en los siglos I y II d.C. Aunque los historiadores descartan actualmente las antiguas teorías de una conquista militar o de una migración india en masa a la región, la cultura india ejerció una poderosa influencia en la formación de los estados del archipiélago. La comunicación directa con China se inició al parecer entre los siglos III y V d.C. con exportaciones indonesias de clavo, resinas y alcanfor. A comienzos del siglo V, Fa-hsien, un peregrino budista chino, y el monje Gunavarman de Cachemira escribieron sobre viajes efectuados entre el oeste de Indonesia y China.
Las textos epigráficos de Java, que datan de mediados del siglo V y del VI, revelan la existencia de un gran reino en esa isla, el reino de Taruma (situado cerca de la actual Yakarta), que seguía los ritos religiosos indios y que promovió el regadío en los campos de labor. A comienzos del siglo VII surgieron varios reinos importantes en Java; parece que también existía un reino en la costa suroriental de Sumatra.
Hacia el siglo VII surgieron en el archipiélago dos tipos de unidades políticas: los estados comerciales marítimos, a lo largo de las costas de Sumatra, Java septentrional, Borneo (Kalimantan), Sulawesi (véase Célebes) y algunas islas occidentales más, y los reinos del interior cuya economía se basaba en el cultivo de arroz, sobre todo en Java central y oriental. El imperio marítimo más importante era el reino de Srivijaya, un reino budista Mahayana, situado en la costa meridional de Sumatra, que a finales del siglo VII mantenía relaciones comerciales con la India y con China y que durante 500 años monopolizó gran parte del comercio de China con el archipiélago.
Existen pocos restos arqueológicos del reino de Srivijaya en Sumatra. Por el contrario, de los reinos budistas e hindúes de Java central y oriental se conservan grandes templos, edificios e inscripciones que son pruebas palpables de la importancia de la influencia de la cultura india en su religión y organización estatal. Todos estos reinos javaneses tenían una economía agrícola basada en el cultivo de arroz y una organización administrativa jerarquizada y compleja, encabezada por un rey con carácter de divinidad. Las inscripciones revelan que, en la meseta de Dieng, a comienzos del siglo VIII y bajo la hegemonía de la dinastía Sanjaya, surgió y se expandió el reino hindú de Mataram. En la segunda mitad de ese mismo siglo un reino budista bajo la hegemonía de la dinastía de los Sailendra se desarrolló en las cercanías de la meseta Kedu. A mediados del siglo IX, los Sailendra construyeron el imponente templo de Barabudur. En esa misma época, los gobernadores de Java central, que se proclamaban descendientes del rey Sanjaya (reinó 732-778), fundaron un nuevo reino de Mataram, y gobernaron la parte oriental y central de la isla. A comienzos del siglo X, por razones aún desconocidas, el centro del reino se trasladó hacia el este, donde la influencia hindú fue debilitándose. El reino javanés oriental mostró, bajo el reinado de Sindok (reinó 929-947), y más tarde uniéndose con Bali (bajo el reinado de Airlanga), un interés creciente por el comercio de ultramar. Tras un periodo de división, un plebeyo, Angrok (reinó 1222-1227), fundó en 1222 en Java el nuevo reino de Singasari, que bajo el gobierno del rey budista Kertanagara (reinó 1268-1292) conquistó las zonas de Sumatra anteriormente dominadas por el reino de Srivijaya. El sucesor de Kertanagara, Vijaya (reinó 1293-1309), repelió una invasión mongola de Java y fundó en 1293 el reino de Majapahit, el mayor imperio de Java. Este reino, bajo el gobierno de Hayam Wuruk, extendió su hegemonía sobre gran parte de la actual Indonesia y otras zonas de Malaysia.
A finales del siglo XIII, los estados costeros septentrionales de Sumatra comenzaron a convertirse al islam; el gobernador musulmán más antiguo que se conoce fue el sultán Malik al Saleh, de Pasai. La nueva religión, propagada en un primer momento por los mercaderes del sur de la India y de Gujarāt, se expandió lentamente hasta que el surgimiento del sultanato de Malaca en la costa occidental malaya le propinó un nuevo impulso. En el siglo XV la demanda europea de especias provenientes de las Molucas (o de las islas de las Especias) fue creciendo y hacia 1436 Malaca se había convertido en un importante emporio en la ruta comercial entre las Molucas y Occidente. Malaca, que tenía un gran poder político y comercial, fue también un centro de difusión del islam. En los siglos anteriores Singasari y Majapahit se hicieron cargo del comercio de los principados de la costa septentrional de Java que intercambiaban arroz por especias de las Molucas. Los habitantes de la costa de Java, sobre todo los de Tubna y Gresik, desarrollaron fuertes lazos comerciales con Malaca, que se había convertido al islamismo, y llegaron a ser un importante componente de la población de Malaca. Los príncipes mercaderes de Java septentrional controlaban el comercio entre Malaca y el archipiélago oriental, y al aumentar su poder, fue mayor la presión militar y comercial sobre el reino de Majapahit, lo que contribuyó a que éste desapareciera a comienzos del siglo XVI.
Sin embargo, en 1511 Malaca fue conquistada por los portugueses. Su intrusión cambió la forma de comercio existente en el archipiélago y condujo al surgimiento de varios estados musulmanes fuertes y competitivos que proporcionaron rutas de comercio alternativas. El sultanato de Achin, en el norte de Sumatra, era el principal rival de la Malaca portuguesa en el siglo XVI y realizó incursiones contra ella sólo o en alianza con otros estados musulmanes. Bajo el gobierno del sultán Iskandar Muda, Achin controló todos los puertos comerciales de pimienta de Sumatra excepto los del extremo meridional y su influencia se extendió a algunas partes de la península Malaya. Otros dos importantes estados comerciales de esta época fueron Makasar, en la parte suroccidental de Sulawesi que se convirtió al islamismo en 1603, y Bantam, el sucesor musulmán en Java occidental del reino hindú de Sonda, que controlaba Sumatra meridional (y, de este modo, el estrecho de la Sonda). A finales del siglo XVI surgió un nuevo reino musulmán de Mataram, en la zona central de Java, que incorporó gran parte de los principados marítimos de Java.
La Compañía holandesa de las Indias Orientales, que se fundó en 1602, compitió con los portugueses y los ingleses por el control del comercio del archipiélago. El gobernador general Jan Pieterszoon, fundó Batavia (actual Yakarta), como sede del cuartel general holandés e intentó aislar la red de comunicaciones entre las islas con respecto al comercio internacional. El poder holandés se expandió tanto por la fuerza como por medio de alianzas con los gobernantes nativos. Tras un breve enfrentamiento con Mataram, en 1629, se produjo un periodo de coexistencia pacífica y en 1678 Mataram cedió la región de Preanger de Java occidental a la Compañía. En 1641 los holandeses conquistaron Malaca, pero esto no les aseguraba el control total del comercio de especias con Europa que era su ambición. Para imponer su monopolio, la compañía redujo el cultivo de clavo a Ambon y el de nuez moscada y macero a las islas Banda, destruyendo los cultivos de especias existentes en otros lugares.
En el siglo XVIII, la Compañía introdujo el café y otros nuevos cultivos en Java e instituyó un sistema para forzar las entregas que dependían de la cooperación de los aristócratas javaneses y de los intermediarios de la creciente población china local (cuya inmigración era promovida por los propios holandeses). Su interferencia en los asuntos de Mataram culminó con la división del reino, en 1755, en los principados de Surakarta y Yogyakarta. En las islas de las Especias, los derechos comerciales holandeses se transformaron en un control político efectivo; en la zona oriental del archipiélago, los gobernadores mantenían su autonomía interna, pero estaban muy relacionados con la Compañía. A medida que avanzaba el siglo, la mala administración y el declive del comercio llevó a la Compañía a la bancarrota y a su posterior disolución en 1799. El gobierno holandés asumió entonces el control de sus posesiones en las Indias Orientales.
Durante las Guerras Napoleónicas y bajo el gobierno holandés que hubo de compaginar su dominio en la isla con la ocupación británica que se produjo entre 1811 y 1816 se realizaron intentos de centralizar y reformar la administración de Java. Al reasumir el poder en 1816, los holandeses dudaban entre abrir el área a las empresas individuales o volver a un sistema de monopolio. Los gastos constantes generados por la necesidad de reprimir los movimientos de resistencia, encabezados por el príncipe javanés Diponegoro desde 1825 hasta 1830, pusieron fin a las vacilaciones. Los holandeses se anexionaron grandes áreas de los principados de Java central y en 1830 introdujeron el denominado Sistema de Cultivo, por el cual los campesinos tenían que dedicar un porcentaje de sus tierras (oficialmente una quinta parte, pero en realidad siempre era mucho más) para cultivos de exportación designados por el gobierno en sustitución del tradicional cultivo de arroz, base de la alimentación. Este sistema, que proporcionaba muchos beneficios a los holandeses, enriqueció a los Países Bajos, pero provocó en las décadas de 1840 y 1850 grandes hambrunas en muchas partes de Java.
Se produjo una mayor presencia de los holandeses en la sociedad de forma paralela a la extensión de su control en otras regiones. En Sumatra, habían impuesto su gobierno en zonas del interior hacia 1837 y en 1858 se anexionaron los principados de la costa septentrional. El gobierno colonial fuera de Java era a menudo un gobierno indirecto.
En 1870 tuvo lugar una campaña de los liberales holandeses contra el Sistema de Cultivos obligatorios, eliminando algunos de sus aspectos más severos. La nueva Ley Agraria promulgada ese año estableció unos sistemas que dejaban más libertad de actuación a los campesinos. Poco después el aceite, el estaño y el caucho comenzaron a sustituir al café, al azúcar y al tabaco como las principales exportaciones hacia Europa. Estos productos procedían en gran parte de zonas externas a Java y se ampliaron las posesiones adquiriendo nuevos territorios. Tras una guerra de 30 años, Achin fue sometido en 1908 y Bali en 1909; para entonces Sulawesi, las Molucas, las islas de Sonda y la mayor parte de Borneo estaban sometidas a un férreo control por parte de los holandeses.
A comienzos del siglo XX, los holandeses introdujeron una nueva política gracias a la cual se desarrollaron la agricultura y los servicios de enseñanza y sanidad, y se expandieron las líneas de ferrocarril, las carreteras y la navegación entre las islas. Esta política contribuyó a la creación de dos nuevos grupos sociales, unos pocos indonesios educados según criterios occidentales y un pequeño grupo de intermediarios que comenzaron a competir con la clase comercial china todavía predominante. Estos nuevos grupos crecieron resentidos contra una estructura colonial que les negaba una función social o económica acorde con su educación.
El primer partido que dio cohesión al movimiento nacionalista fue Sarekat Islam (Unión Islámica), fundada en 1912 y originada a partir de una asociación de protección de mercaderes. Este grupo contaba hacia 1918 con más de 2 millones de miembros distribuidos por todo el archipiélago. La respuesta holandesa fue de conciliación en un primer momento y así, en 1916, se estableció el Volksraad (el Consejo del Pueblo), donde los representantes de los grupos de población principales podían deliberar y ofrecer su opinión. Sin embargo, tras la I Guerra Mundial (1914-1918), y especialmente después de insurrecciones comunistas que fracasaron (una en 1916 y otra en 1927), el gobierno adoptó una política represiva.
El movimiento nacionalista que se inició en la década de 1920 estaba encabezado por líderes que no eran musulmanes; era el caso de Achmed Sukarno, un abogado independiente que fundó en 1927 el Partido Nacionalista Indonesio (Partai Nasionalis Indonesia o PNI). A pesar de las detenciones y los exilios de Sukarno (1929-1931, 1933-1942), Muhammad Hatta y otros líderes nacionalistas, y de la ilegalización del PNI y de otros grupos, el movimiento nacionalista mantuvo su fuerza. Sin embargo, incluso después de que Alemania invadiera los Países Bajos durante la II Guerra Mundial (1939-1945), los holandeses nunca aludieron a la posibilidad de una transferencia de la soberanía y autoridad política al pueblo indonesio.
Durante la II Guerra Mundial los japoneses invadieron y ocuparon las islas. Ansiosos por conseguir el apoyo indonesio a su régimen, concedieron a Sukarno y a sus seguidores una libertad política simbólica. Las preocupaciones estratégicas concernientes al acceso a los recursos del país, especialmente al petróleo, y el temor a los contraataques aliados dieron paso a una política más dura que hizo que decenas de miles de trabajadores reclutados de forma forzosa trabajaran como verdaderos esclavos y la mayoría de ellos no sobrevivió.
A comienzos de septiembre de 1943, los japoneses crearon milicias de indonesios en Java, Bali y Sumatra, lo que posibilitó que tuvieran una preparación militar y que estos mismos jóvenes, más tarde, formaran el núcleo del ejército indonesio que luchó por la independencia durante la posguerra. Para conseguir su apoyo contra los ataques aliados, los japoneses prometieron la independencia de Indonesia en octubre de 1944, y posteriormente garantizaron un régimen de autogobierno aunque con limitaciones.El 17 de agosto de 1945, dos días después de la rendición de Japón, Sukarno y Hatta proclamaron la independencia de la República de Indonesia y fueron nombrados, respectivamente, presidente y vicepresidente. Cuando el Ejército británico comenzó a desembarcar en las islas, a finales de septiembre, en la mayor parte de Java y Sumatra estaba implantado el gobierno republicano. Cuando los británicos se retiraron, en noviembre de 1946, persuadieron a los holandeses y a los dirigentes republicanos para que firmaran el Acuerdo de Linggadjati, que reconocía la autoridad de hecho de la república de Java y Sumatra y contenía planes para el establecimiento de los Estados Unidos de Indonesia, federados en una unión neerlandesa-indonesia.
Sin embargo, en julio de 1947, aludiendo a violaciones de este acuerdo, los holandeses iniciaron ataques contra los republicanos y extendieron su control sobre aproximadamente dos tercios de Java y sobre extensos territorios y campos de petróleo de Sumatra. Las protestas en las Naciones Unidas (ONU) condujeron a la firma del Acuerdo de Renville entre las dos partes. Un bloqueo holandés del territorio republicano provocó dificultades económicas intensas y el aumento del descontento popular con la política de negociación de la República con los holandeses, en lugar de enfrentarse a ellos abiertamente. Estas fueron algunas de las causas del fallido alzamiento comunista contra el gobierno republicano, que tuvo lugar en septiembre de 1948 en Madiun.
En diciembre de 1948, desafiando el alto el fuego de la ONU, los holandeses atacaron de nuevo el territorio de la República, conquistaron la capital Yogyakarta, y detuvieron a la mayor parte de sus principales dirigentes, como Sukarno y Hatta, que fueron enviados al exilio. A pesar del aparente éxito del ataque inicial holandés, la resistencia de la guerrilla republicana y la presión de la comunidad internacional forzaron a los holandeses a buscar la reconciliación. En una conferencia que tuvo lugar en 1949 en La Haya, el gobierno holandés acordó transferir la soberanía de Indonesia, excepto Irian Occidental (Nueva Guinea occidental), a la república federal de los Estados Unidos de Indonesia a finales de ese mismo año, que pasaron a formar parte de la Unión Indonesioneerlandesa.
En agosto de 1950 se creó, tras diversas revueltas nacionalistas, un nuevo gobierno que promulgó una Constitución unitaria y denunció la unión con los Países Bajos. Los intentos de este nuevo gobierno para crear un Estado viable partiendo de la gran variedad cultural y lingüística de los habitantes de Indonesia, se complicaron debido a los levantamientos esporádicos de los grupos musulmanes de Java Occidental y Achin, y a los movimientos antirrepublicanos dirigidos por los holandeses en Sulawesi y en las Molucas. Las elecciones nacionales que se celebraron en 1955 condujeron a la formación de un Parlamento en el cual ningún partido mayoritario obtuvo la mayoría y sólo uno, el Masjumi, obtuvo un número significativo de seguidores fuera de Java. Igual que antes de las elecciones, se criticó al gobierno su desunión interna y su corrupción, además de tener pocos vínculos con las regiones que se suponía representaba.
En 1956, Sukarno revisó el sistema de partidos y anuló la democracia liberal y la reemplazó por el sistema de 'Democracia Dirigida', en el cual el presidente era la máxima autoridad. El resentimiento de las islas del exterior provocado por la ausencia de inversiones destinadas a su desarrollo económico, cuando eran ellas la mayor fuente de recursos para las exportaciones de Indonesia, fue una de las causas de los golpes militares que tuvieron lugar en Sumatra y Sulawesi (diciembre de 1956 a marzo de 1957) y de la reivindicación de una mayor autonomía local. Los disidentes del ejército, naturales de Sumatra, con el apoyo de sus colegas de Sulawesi y varios dirigentes importantes de Masjumi, proclamaron el Gobierno Revolucionario de la República de Indonesia el 15 de febrero de 1958. A pesar de la ayuda encubierta a los rebeldes por parte de Estados Unidos y de Taiwan, el Ejército de Yakarta derrotó en poco tiempo a los golpistas, aunque hasta 1961 continuaron las acciones de la guerrilla.
Bajo la Democracia Dirigida de Sukarno (1959-1965), Indonesia llevó a cabo una activa política exterior, reclamando la entrega por parte de los Países Bajos de Irian Occidental (que se hallaba bajo un mandato de la ONU, y que fue finalmente devuelta a Indonesia en 1962) y oponiéndose a la formación de la Federación de Malaysia en 1963. La política interior se caracterizó por la continuidad de la crisis económica y por el progresivo aumento del poder del Ejército y de los comunistas (Partai Kominis Indonesia o PKI), lo que provocó la aparición de tensiones crecientes entre ambos grupos.
La situación culminó con el intento de golpe de Estado del 30 de septiembre de 1965, dirigido por el teniente coronel Untung, de la guardia presidencial, en el cual seis importantes generales fueron brutalmente asesinados. El general Suharto, jefe de la reserva estratégica del Ejército, reprimió el golpe de Estado, controló el Ejército y posteriormente hizo que Sukarno le transfiriera el poder en marzo de 1966. Aunque la identidad y los motivos de los principales instigadores del golpe continúan siendo un tema controvertido, el Ejército alegó la responsabilidad del PKI. A finales de 1965, a pesar de los esfuerzos de Sukarno por calmar la situación, unidades militares y grupos de musulmanes, sobre todo en el campo, comenzaron a realizar matanzas de comunistas y de aquellos que los apoyaban. Las estimaciones del número de muertes oscilan entre 300.000 y un millón. El PKI fue declarado ilegal el 13 de marzo de 1966 y el gobierno arrestó a cientos de miles de personas acusadas de estar involucradas en el intento de golpe de Estado. Los últimos de estos prisioneros todavía no han sido liberados y siguen produciéndose ejecuciones periódicas; la más reciente de ellas tuvo lugar en 1990; de todos estos detenidos, sólo 800 fueron juzgados.
El Orden Nuevo de Suharto, que adoptó una postura favorable y conciliadora con Occidente, puso fin al enfrentamiento con Malaysia y desde entonces ha sido el mayor propulsor de la ASEAN, asociación de carácter regional. El gobierno, controlado por el Ejército, y con el asesoramiento de economistas preparados en Occidente, impulsó la inversión extranjera y recibió créditos occidentales.
Las elecciones que se celebraron en 1971 fueron estrictamente controladas y el partido oficial, Golkar (Sekber Golongan Karja, Secretariado Unitario de los Grupos Funcionales), se aseguró la mayor parte de los escaños en la Asamblea Consultiva Popular. Este grupo consiguió de nuevo aproximadamente el 62% de los votos en las elecciones de 1977. Suharto fue elegido presidente por los miembros electos de la Asamblea después de ambas elecciones.
En 1975 la empresa petrolera de propiedad estatal Pertamina fue incapaz de cumplir con los pagos de sus deudas, que ascendían a 10.500 millones de dólares, y la crisis hizo tambalearse la estructura financiera del país. Sólo mediante cancelaciones de proyectos, negociaciones de créditos y ayudas de Estados Unidos y de otros gobiernos occidentales, el gobierno pudo solventar la situación a finales de 1977. Más tarde, el aumento en los precios mundiales del petróleo ayudó a la recuperación económica de Indonesia y la producción y las exportaciones de petróleo se incrementaron.
Una segunda crisis surgió debido a la invasión por parte de Indonesia, en diciembre de 1975, de la antigua colonia portuguesa de Timor Oriental, que Indonesia se anexionó a pesar de la condena de Portugal y de la ONU. Diversos organismos internacionales afirmaron que el Ejército indonesio había asesinado a más de 150.000 personas en el transcurso de la anexión. Las crecientes tensiones políticas en la región condujeron a las matanzas de los manifestantes favorables a la independencia, llevadas a cabo en noviembre de 1991 por los soldados indonesios. La comunidad internacional decidió reconocer y dar su pleno apoyo a la lucha del pueblo timorense por su libertad concediendo el Premio Nobel de la Paz de 1996 a dos destacados luchadores contra la ocupación indonesia de la isla, el obispo católico Carlos Filipe Ximenes Belo y el abogado José Ramos Horta.
La mayor oposición al régimen de Suharto provino de los grupos musulmanes que nunca aceptaron los intentos del gobierno de controlarlos y de los estudiantes universitarios descontentos por un régimen corrupto y por las constantes violaciones de los derechos humanos. El gobierno, como reacción a las masivas manifestaciones de los estudiantes en 1978, acentuó su control sobre los campus universitarios y la prensa.
Sin embargo, los mayores peligros a largo plazo para el régimen fueron las crecientes desigualdades económicas y sociales, sobre todo la falta de tierras para el campesinado javanés. En cualquier caso, el envejecido ejército de la 'Generación de 1945', que monopolizó el poder bajo el Orden Nuevo, pareció tener intenciones de continuar ejerciendo el control. En las elecciones parlamentarias de mayo de 1982, el Golkar volvió a ganar con una mayoría aplastante y en marzo de 1983 el Parlamento reeligió a Suharto, que gobernó sin oposición e incrementó sus poderes presidenciales. En marzo de 1988 y en marzo de 1993, sucesivamente, volvió a ser reelegido y a gobernar sin oposición.
En las elecciones legislativas celebradas el 29 de mayo, el Golkar obtuvo la mayoría absoluta, seguido del musulmán Partido para el Desarrollo Unido y el cristiano Partido Democrático Indonesio. Con estos comicios se renovó, para un periodo previsto de cinco años, 425 de los 500 miembros de la Cámara de Representantes, en tanto que los 75 restantes fueron designados en las filas de las Fuerzas Armadas, cuyos miembros no tienen derecho a voto.
La crisis financiera que golpeó el Sureste asiático desde finales de 1997 provocó el estallido del descontento social entre la población indonesia, expresada en los meses de enero y febrero de 1998 mediante ataques xenófobos contra la minoría china, considerada responsable directa de los incrementos de precios de los productos de primera necesidad. El 10 de marzo de 1998, fue reelegido por la Asamblea Consultiva Popular para desempeñar un séptimo mandato.
En mayo de ese año, se produjeron graves disturbios callejeros en protesta por las subidas de los precios. Los enfrentamientos entre estudiantes y policía se agravaron: a la muerte de estudiantes por disparos de la policía siguieron los saqueos a los grandes almacenes de Yakarta y otras ciudades importantes del país, en los que fallecieron más de 300 personas. La crisis obligó a Suharto a regresar de su viaje a El Cairo y a considerar la posibilidad de una remodelación presidencial.
Pero, ante la presión internacional, ejercida principalmente a través de la Administración estadounidense, el día 21 Suharto presentó su dimisión; el vicepresidente Yusuf Habibie fue nombrado para reemplazar al dictador. La oposición (dirigida por el islamista moderado Amien Rais y la centroizquierdista Megawati Sukarnoputri, hija del ex presidente Sukarno) y los estudiantes acogieron con cautela la noticia, si bien acabaron reconociendo al nuevo presidente.
A finales de junio, se produjo una entrevista histórica en el palacio presidencial de Yakarta entre el presidente de Indonesia, Yusuf Habibie, y el obispo de Timor Oriental, Carlos Ximenes Belo. Indonesia ofreció la retirada gradual de tropas de la isla, invadida en 1975 y anexionada en 1976.
Los dos últimos meses de 1998 y los dos primeros de 1999 se caracterizaron por el estallido de una violencia inusitada de carácter étnico y religioso, que se extiende a lo largo y ancho del país provocando la muerte de varios cientos de personas, principalmente ciudadanos de origen chino y religión cristiana.
Al mismo tiempo que sucedía esto, se daba a conocer que cerca de un centenar de partidos y coaliciones se habían inscrito para participar en las elecciones legislativas de junio de 1999, a las que seguirían los comicios presidenciales del mes de agosto.
Por otro lado, entre los meses de marzo y abril de 1999 se logró un acuerdo entre Indonesia y Portugal, auspiciado por Kofi Annan, secretario general de la Organización de las Naciones Unidas (ONU), para que los habitantes de Timor Oriental decidieran en referéndum si optaban por la autonomía o por la independencia respecto de Indonesia. Al mismo tiempo, tanto los grupos armados independentistas como los anexionistas anunciaron —mediante la firma de un alto el fuego avalado por el obispo y premio Nobel de la Paz, Carlos Ximenes Belo, y por el jefe del Ejército indonesio, general Wiranto— el abandono de la actividad armada y el acatamiento al acuerdo alcanzado. Desde algunos sectores independentistas se puso en duda el compromiso del ejecutivo indonesio.
A la firma en el mes de mayo del acuerdo de pacificación vino a sumarse la aprobación, por parte del Parlamento indonesio, de un amplio plan de autonomía para las 27 provincias que constituyen el país asiático. De acuerdo con la normativa aprobada, se concedían amplios poderes a los gobiernos provinciales excepto en cuestiones relacionadas con defensa, política exterior, justicia, fiscalidad, religión, política monetaria y otros asuntos considerados estratégicos por el gobierno de Yakarta.
En junio de 1999 tuvieron lugar elecciones legislativas, los primeros comicios verdaderamente democráticos en más de 40 años, que decidían sobre la composición del Consejo Representativo Popular (cámara baja del Parlamento indonesio) que habría de formar la nueva Asamblea Consultiva Popular (cámara alta) que elegiría al presidente de la República. El Partido Democrático de Indonesia por la Lucha (PDI-P), encabezado por Megawati Sukarnoputri, obtuvo el 37,4% de los votos emitidos; el Golkar logró el 20, 9%; el musulmán moderado Partido del Despertar Nacional, de Abdhurrahman Wahid, llegó al 17,4%; el islamista Partido del Desarrollo Unido, alcanzó el 10,7%; y el Partido del Mandato Nacional, liderado por Amien Rais, se quedó tan sólo con el 7,3 por ciento.
La celebración del previsto referéndum auspiciado por la ONU, que en agosto de 1999 decidió la independencia de Timor Oriental, provocó un enorme baño de sangre, cuando los partidarios de la integración del territorio atacaron brutalmente a numerosos independentistas. El 18 de octubre de ese año, la Asamblea Consultiva Popular surgida de las elecciones de junio aceptó la segregación de Timor Oriental (que se convertiría en Estado soberano, como Timor Leste, en mayo de 2002), lo que llevó al día siguiente a que Habibie retirara su candidatura a la presidencia. La Asamblea eligió los días 20 y 21 a Abdhurrahman Wahid (que consiguió los votos del Golkar) presidente de la República y a Sukarnoputri vicepresidenta. En el mes de noviembre, la provincia de Aceh, en la isla de Sumatra, comenzó a pedir asimismo la independencia. El presidente Wahid destituyó en febrero de 2000 al general Wiranto al frente del Ejército y en agosto del mismo año reconoció ante la Asamblea Consultiva Popular la grave situación que vivía el país (con dos problemas básicos, la crisis económica y los enfrentamientos que por motivos étnicos y religiosos se sucedían en determinadas provincias, como los protagonizados en Molucas por cristianos y musulmanes) y delegó parte de sus funciones de gobierno (las relativas a la gestión interna y cotidiana del país) a Sukarnoputri. En los primeros meses de 2001, Wahid fue procesado por la Asamblea Consultiva del Pueblo. El 23 de julio de ese año, el máximo órgano legislativo, tras encontrarle culpable de incompetencia y corrupción en el ejercicio de su cargo, procedió a su destitución y designó a Sukarnoputri para sustituirlo en la jefatura del Estado.
El 12 de octubre de 2002 un coche bomba explotó junto a una discoteca situada en Kuta, en la isla de Bali, causando la muerte de más de 200 personas (en su mayor parte, turistas extranjeros). El gobierno de Sukarnoputri atribuyó el atentado a Al-Qaeda, la red terrorista de Osama bin Laden, que habría actuado junto a algún grupo islámico radical indonesio (todas las sospechas apuntaban a Yamaa Islamiya, cuyo presunto dirigente, Abu Bakr Bashir, fue detenido).
En mayo de 2003, transcurridos varios meses de negociaciones entre representantes del gobierno y del Movimiento para una Aceh Libre (en indonesio, Gerakan Aceh Merdeka, GAM), las Fuerzas Armadas emprendieron una dura ofensiva contra la guerrilla separatista de dicha provincia, que quedó regida por la ley marcial.