El país comprende 7.100 islas, de las cuales sólo 460 tienen más de 2,6 km2 de superficie. Once islas tienen un área superior a 2.590 km2 cada una y contienen la mayoría de la población. Las dos grandes islas del archipiélago son Luzón (104.700 km²), al norte, y Mindanao (94.630 km²), al sur. Las siguen nueve islas consideradas medianas, que son Samar, Negros, Palawan, Panay, Mindoro, Leyte, Cebú, Bohol y Masbate. Estas once islas suponen el 95% de la superficie total de Filipinas que es de 300.000 km² aproximadamente. Manila es la capital y la mayor ciudad de Filipinas.Las Filipinas son el grupo más septentrional del archipiélago Malayo, con una extensión de aproximadamente 1.850 km de norte a sur entre Borneo y Taiwan, y de 1.127 km de este a oeste. Uno de los principales rasgos del archipiélago es la atomización de islas que tiene. La razón es su situación en una zona de subducción geológica terrestre, en donde la corteza terrestre se hunde y provoca convulsiones en el relieve que dan lugar a la aparición de zonas muy montañosas y profundas fosas submarinas. Así, la mayoría de las islas, de origen volcánico, son cimas de masas montañosas parcialmente sumergidas. En general los sistemas montañosos filipinos se extienden de norte a sur paralelamente a las costas y en muchos lugares bordeándolas. Los terremotos son bastante frecuentes en las islas, y existen aproximadamente 20 volcanes activos.
En las islas más pequeñas, las montañas forman una espina dorsal que constituye su principal rasgo topográfico. Las dos islas mayores, Luzón y Mindanao, tienen un relieve más diverso, con llanuras amplias, y con fértiles valles en el interior. En el norte de Luzón, el valle del río Grande de Cagayán es una llanura de unos 80 km de anchura, rodeada por las montañas de la Sierra Madre al este, la cordillera Central al oeste y Caraballo al sur. Más al sur se encuentra la llanura central, que se extiende desde el golfo de Lingayen hasta la bahía de Manila y laguna de Bay, el mayor lago de Luzón. La llanura está drenada por el río Agno en el norte y por el río Pampanga en el sur. En la costa suroccidental se encuentran los montes Zambales. Luzón tiene una estrecha extensión montañosa en el sureste denominada península de Bicol. El monte Mayon, un volcán activo que entró en erupción en febrero de 1993, se encuentra en esta península, justo al norte de Legaspi. Sin actividad durante unos 600 años, el monte Pinatubo, un volcán localizado en el centro de Luzón, entró en erupción en junio de 1991 y en julio de 1992 otra vez.
En Mindanao, la mayor isla de Filipinas después de Luzón, los montes Diuata bordean la costa del Pacífico y al oeste de ellas se encuentra el río Agusan. En el suroeste de Mindanao hay una gran área deprimida, el valle de Mindanao. Una de las cordilleras del sur de Mindanao contiene el volcán Apo (2.954 m), que es el punto más alto de Filipinas. Las líneas de costa de todas las islas son extremadamente irregulares, con una longitud total de 36.289 kilómetros.
Las islas Filipinas se encuentra en zona tropical y tienen un promedio de temperatura anual de unos 27 ºC. En general, los valles interiores y los lugares a sotavento son más cálidos que el promedio; lo contrario ocurre con las laderas, las cumbres de las montañas y los lugares a barlovento de las islas con temperaturas inferiores. La precipitación alcanza los 2.030 mm al año en las tierras bajas. En la mayoría de las islas Filipinas la estación lluviosa se produce durante el monzón de verano (desde mayo a noviembre) cuando los vientos soplan del suroeste; la estación seca se desarrolla durante el monzón de invierno (de diciembre a abril) cuando los vientos soplan del noreste. De junio a octubre los tifones (laguíos) llegan a las islas Filipinas, y ocasionalmente causan graves daños.
Aproximadamente el 23,9% de la superficie de Filipinas está cubierta por bosque o monte. Entre los árboles destacan el baniano, diferentes variedades de palmeras, árboles de los que se extrae el caucho y muchos árboles autóctonos de maderas muy duras como el apitong, el yacal, el lauan, el camagón, el ipil, el narra blanco y rojo y el mayapis. El bambú y las plantas de la canela, el clavo y la pimienta crecen de forma silvestre, al igual que numerosas especies de orquídeas. Una de las plantas autóctonas más valiosas es el ábaca (o cáñamo de Manila) un yantén cuya fibra se utiliza para hacer cuerdas, textiles y sombreros. Los manglares y las palmeras de nipa crecen en los pantanos costeros, y grandes áreas de las tierras altas están cubiertas por hierbas gruesas de escaso valor para la ganadería. Excepto en el caso de los roedores, comparativamente se encuentran pocas variedades de mamíferos en las islas. Los más importantes son el búfalo de agua domesticado (denominado carabao) varias especies de venados, jabalíes salvajes y domesticados, las mangostas y una especie de ganado vacuno característico. También hay gran número de reptiles y unas 760 especies de aves, incluyendo loros multicolores. En Filipinas hay una gran cantidad de fauna marina en las aguas costeras, particularmente moluscos. Las ostras perlíferas abundan en el archipiélago de las Sulú, en el extremo suroccidental, cuyas perlas son muy famosas.
El término filipino, que originariamente se refería a una persona de descendencia española nacida en las Filipinas y comparable con el término criollo en las colonias hispanoamericanas, se ha aplicado desde el siglo XIX a los malayos cristianizados que constituyen el núcleo de la población filipina.
Los habitantes aborígenes del archipiélago fueron los pigmeos negritos. Durante el periodo prehistórico, los pueblos malayos invadieron las islas en sucesivas oleadas, comenzando aproximadamente en el 200 a.C. Los actuales filipinos, descendientes en su mayoría de los invasores malayos, se dividen según el idioma y la religión. Los más importantes numéricamente son los visaya, que viven en la parte central del archipiélago, y los tagalos, en el centro de Luzón. Los ilokanos, el tercer grupo más importante, habitan en el valle del Grande de Cagayán, en Luzón. Los grupos no malayos más destacados están constituidos por descendientes de españoles y chinos. En la parte meridional del archipiélago (particularmente en el oeste de Mindanao, en el archipiélago de Sulú, y en el sur de la isla de Palawan) hay dos grupos musulmanes, los moros y los samal. Los mestizos (gente de descendencia mixta de filipinos y blancos o chinos) forman una pequeña minoría, aunque importante económica y políticamente.
De la población filipina, el 83% son católicos, el 9% protestantes, alrededor de un 5% musulmanes y el resto budistas o de otras creencias.
El idioma oficial de Filipinas es el filipino (antiguamente llamado pilipino) que está basado en el tagalo. El país carece de un idioma común y el inglés se utiliza normalmente en la educación, en la administración y en el comercio. Una minoría de la población habla español, antiguamente idioma oficial. Aproximadamente se hablan en las islas 80 idiomas y dialectos, de los que unos 10, pertenecientes a la familia de las lenguas malayo-polinesias, tienen importancia regional.
La economía de Filipinas está dominada por la agricultura, aunque la industria ha experimentado un crecimiento considerable desde 1945. De acuerdo con la Constitución, toda la tierra y el agua son de dominio público y todos los recursos naturales son propiedad del Estado, y sólo los ciudadanos filipinos o las organizaciones controladas por ciudadanos filipinos pueden explotarlos. El acuerdo firmado en 1948 extendió estos derechos de explotación (por un periodo limitado) a los ciudadanos de Estados Unidos que contribuyeron sustancialmente a la economía de Filipinas. El producto interior bruto es de 117.562 millones de dólares, lo que supone una renta per cápita de 1.362,80 dólares. El presupuesto anual estimado para 2006 era de 19.005 millones de dólares de ingresos y de 20.539 millones de dólares de gastos.
La unidad monetaria es el peso filipino, que se divide en 100 centavos (51,30 pesos equivalían a 1 dólar estadounidense en 2006). El Banco Central de Filipinas (1949) es el único que posee el control del crédito y de la emisión de moneda. Además, 33 bancos comerciales, 44 bancos de desarrollo privado y otras 20 instituciones bancarias cubren las necesidades del país.
Se cree que los primeros pobladores de la islas Filipinas llegaron de China y del archipiélago malayo hace unos 250.000 años, durante el paleolítico, pero se mantuvieron pocos habitantes hasta la época en la que las islas fueron descubiertas. Más tarde, otros pueblos migraron a las islas (entre ellos los pigmeos negritos) que probablemente llegaron hace aproximadamente 25.000 años. Unos 10.000 años después, le siguió un pueblo mongoloide procedente del sureste de Asia. Se cree que todos ellos llegaron a las islas a través de un puente de tierra que ya no existe. Durante los años 7000 al 2000 a.C., las islas recibieron grandes grupos de gente procedentes de las actuales regiones de China y Vietnam. Sin embargo, las grandes migraciones a las islas probablemente se dieron después del siglo III a.C. Los pueblos de la península Malaya y del archipiélago indonesio fueron los últimos en llegar. Estos inmigrantes trajeron con ellos herramientas de hierro y una tecnología avanzada para fabricar vidrio, industria de lacería y tintes para tejidos.
En el siglo V d.C. una mezcla de culturas dio como resultado una nueva civilización filipina. Comerciantes procedentes de lugares tan lejanos como India se convirtieron en visitantes frecuentes de las islas. Las influencias del Próximo Oriente, de la India y de China trajeron muchos cambios en la economía y en la vida social. Se empezaron a desarrollar varias industrias primarias —minería, metalurgia, explotación forestal— y se introdujeron el oro y las monedas como sistema de cambio comercial. En el siglo XII, el poderoso reino de Sri Vijaya, con base en Sumatra, aportó una influencia considerable a Filipinas. A principios del siglo XIII, el islam se extendió por las islas meridionales del archipiélago y se estableció firmemente en ellas. La dinastía china Ming mantuvo relaciones comerciales y diplomáticas con las islas a lo largo del siglo XV.
Los europeos llegaron a las islas por primera vez en marzo de 1521, cuando el navegante portugués Fernando de Magallanes arribó a Filipinas durante su intento de dar la vuelta al mundo al servicio de España. Al mes siguiente, Magallanes murió en la isla de Mactan, cerca de la isla de Cebú, cuando intentaba imponer la soberanía española al jefe local, Lapu-Lapu. La derrota de los españoles acabó con la autoridad que Magallanes había ambicionado establecer. Lapu-Lapu está considerado héroe popular nacional por su exitosa oposición al mandato español.
Portugal, que ya poseía las cercanas Molucas, disputó la reivindicación española de las islas, apelando al Tratado de Tordesillas de 1494, en el que se reservaba el hemisferio oriental a la colonización portuguesa. Sin embargo, en 1542, una expedición militar reafirmó las pretensiones españolas y llamó al archipiélago islas Filipinas, en honor al heredero real, y más tarde rey, Felipe II.
La primera expedición española en lograr resultados duraderos estuvo encabezada por Miguel López de Legazpi, que desembarcó en 1564. Legazpi aumentó gradualmente el poder español sobre las islas y, en 1572, estableció Manila como centro administrativo. Después de 1580, año en el que el rey Felipe se convirtió también en rey de Portugal, se eliminaron las diferencias territoriales con los portugueses.
En 1892 varias sociedades secretas se organizaron para actuar contra las autoridades españolas. La principal era la Liga Filipina, fundada por José Rizal en 1891. Rizal fue ejecutado en 1896 por las autoridades españolas a pesar de su moderación política, se convirtió en un mártir para su nación. La organización radical Katipunan (en tagalo, asociación), propugnaba alcanzar independencia a través de una revolución abierta. La existencia de la Katipunan fue revelada a los oficiales españoles el 19 de agosto de 1896, y el 26 de agosto, los insurrectos comenzaron la lucha armada.
Bajo la dirección de Emilio Aguinaldo, jefe de las fuerzas rebeldes, las insurrecciones tuvieron éxito al principio. Sin embargo, los refuerzos provenientes de España, dirigidos por el general Camilo Polavieja aplastaron la rebelión a principios de 1897 y, en agosto de ese año, Aguinaldo y el gobernador militar español el general Fernando Primo de Rivera (que había sustituido a Polavieja) firmaron el Pacto de Biac-na-bató, por el que los españoles garantizaban que realizarían reformas en el plazo de tres años. El pacto suponía la salida de los dirigentes filipinos de las islas a cambio de una cantidad de dinero y Aguinaldo se marchó a Hong Kong con sus compañeros. El comienzo de la guerra Hispano-estadounidense, que estalló el 21 de abril de 1898, aceleró los acontecimientos: el 1 de mayo, la flota de los Estados Unidos derrotó a la española en la batalla de Cavite, en la bahía de Manila.Tras la derrota española, Aguinaldo volvió a las islas el 19 de mayo y proclamó la república independiente de Filipinas. Sin embargo, según los términos del Tratado de París (10 de diciembre de 1898), España se vio obligada a ceder el archipiélago a Estados Unidos a cambio de 20 millones de dólares, y el 21 de diciembre éstos proclamaron el inicio de un gobierno militar estadounidense. Aguinaldo y sus colaboradores se negaron a reconocer la dominación estadounidense. En Malolos, en Luzón central, se estableció un gobierno provisional filipino el 23 de enero de 1899. La tensión se incrementó, y el 4 de febrero comenzaron las hostilidades en Manila cuando una patrulla filipina provocó un incendio en un cuartel estadounidense. Las tropas de Estados Unidos derrotaron a los insurrectos, por lo que en noviembre de 1899 los filipinos volvieron a las actividades guerrilleras. Aguinaldo fue capturado el 23 de marzo de 1901 y prestó juramento de lealtad a los Estados Unidos en abril, pero continuaron las luchas esporádicas durante otro año, lo que hizo que se mantuviera un ejército de ocupación de 150.000 hombres.
Al finalizarse la insurrección en 1902, el gobierno civil estadounidense reemplazó a la autoridad militar y el 4 de julio de 1902, William Howard Taft, posterior presidente de los Estados Unidos, se convirtió en el primer gobernador civil. La Constitución Filipina de 1902 estipulaba el establecimiento de un sistema bicameral y, cinco años después, el 6 de octubre de 1907, la asamblea filipina abrió la primera sesión, con una cámara baja elegida y la cámara alta cuyos miembros fueron nombrados por los estadounidenses.
La República de Filipinas se proclamó oficialmente el 4 de julio de 1946. Además del problema de la reconstrucción material del país, el nuevo Estado tuvo que enfrentarse con luchas internas. En Luzón central, el Hukbalahaps (o huks) un grupo comunista guerrillero que actuó contra los japoneses, organizó un gobierno rebelde con sus propios órganos militares, civiles y administrativos. Demandaban la colectivización de las tierras de cultivo y la abolición del arrendamiento agrícola, e hicieron de Luzón su plaza fuerte.
La cooperación filipina con los Estados Unidos se convirtió en la tónica de la política de posguerra. En 1947 se arrendaron bases militares a Estados Unidos por un periodo de 99 años, acortado a 25 años en 1959. Un plebiscito celebrado en marzo de 1948 ratificó una enmienda a la Constitución filipina que daba a los ciudadanos estadounidenses iguales derechos económicos que a los filipinos. El vicepresidente Quirino, que pasó a ser el presidente en funciones a la muerte, en abril de 1948, del presidente Roxas, triunfó en las elecciones de 1949. En 1949 y en 1950 la rebelión de los huks cobró mayor importancia.
El gobierno entabló negociaciones de paz con Japón en septiembre de 1951, pero las conversaciones se suspendieron a principios de 1952 debido a las demandas filipinas de 8.000 millones de dólares por daños de guerra. Pendiente de la indemnización, la legislatura filipina se negó a ratificar el tratado de paz.
En 1953 el gobierno intentó infructuosamente alcanzar un acuerdo con los rebeldes huks. En las elecciones presidenciales, celebradas el 10 de noviembre, el antiguo ministro de Defensa Ramón Magsaysay consiguió imponerse a Quirino. Su actitud enérgica contra los huks frenó la expansión de los rebeldes, aunque no se suprimió completamente.
El Congreso aprobó, el 11 de agosto de 1955, una ley que autorizaba al presidente Magsaysay a deshacer los estados de mayor extensión y distribuir la tierra entre los arrendatarios agrarios. El 6 de septiembre Filipinas y Estados Unidos llegaron a un acuerdo comercial por el que se autorizaba la entrada de inversiones privadas estadounidenses en empresas filipinas.
A mediados de la década de 1950, Estados Unidos y Filipinas establecieron la propiedad conjunta de las bases militares estadounidenses en las islas. El Senado filipino también ratificó el tratado de paz con Japón y se acordó cifrar en 800 millones de dólares las reparaciones japonesas.
Magsaysay murió el 17 de marzo de 1957 en un accidente aéreo y al día siguiente el vicepresidente Carlos P. García juró el cargo de presidente. En junio se declaró ilegal al Partido Comunista, y se estableció la pena de muerte para los miembros activos del partido, pero garantizaba una plena amnistía si se rendían en los 30 días posteriores a su promulgación. Alrededor de 1.400 miembros del movimiento Huk se acogieron a esa amnistía. García fue elegido presidente posteriormente y Diosdado Macapagal, candidato del opositor Partido Liberal, fue elegido vicepresidente. Macapagal fue elegido presidente en 1965, pero en las elecciones de 1965 perdió en favor del candidato nacionalista, Ferdinand Marcos.
El rápido desarrollo económico trajo la prosperidad durante el primer periodo del mandato de Marcos y fue reelegido en 1969. Sin embargo, su segundo mandato fue conflictivo por el malestar social, provocado por su apoyo a la política de Estados Unidos en Vietnam. A principios de la década de 1970, dos fuerzas diferentes, el Nuevo Ejército Popular (comunista) y el Frente Moro de Liberación Nacional (un movimiento musulmán separatista en el sur) volvieron a la guerra de guerrillas para enfrentarse al gobierno. Esta situación sirvió de excusa para la declaración de la ley marcial en 1972. Se disolvió el Congreso, fueron arrestados los dirigentes de la oposición y se impuso una estricta censura. Después de eso, Marcos gobernó por decreto ley.
En enero de 1973 se promulgó una nueva Constitución, cuyas disposiciones transitorias garantizaban a Marcos continuar gobernando con poderes absolutos y las elecciones se pospusieron indefinidamente; en su lugar, el presidente buscó el apoyo popular de sus actos en repetidos referendos. En 1977 y en 1978 hubo cierta relajación, pero la inquietud entre la población (en especial entre la jerarquía eclesiástica) creció. En 1980, varios grupos opuestos se unieron para demandar el fin de la ley marcial y las guerrillas urbanas llevaron a cabo una serie de atentados en Manila.
El presidente Marcos derogó la ley marcial en 1981. Las elecciones presidenciales se celebraron en junio y Marcos consiguió un nuevo mandato de seis años. Sin embargo, la oposición a su gobierno siguió aumentando. En 1983 el dirigente de la oposición, Benigno Aquino, fue asesinado. Se culpó a una conspiración militar del asesinato, pero los acusados fueron absueltos después. Marcos convocó elecciones presidenciales en febrero de 1986; su principal oponente era la viuda de Aquino, Corazón. Los informes que mostraban que Marcos había ganado fraudulentamente fueron tan evidentes que Marcos tuvo que abandonar el país; se estableció temporalmente en Hawaii y se llevó consigo, según ciertas acusaciones, grandes cantidades de riquezas ganadas de forma ilegal.
Aquino se convirtió en la presidenta y consiguió la promulgación de una nueva Constitución en febrero de 1987. Aunque obtuvo el apoyo en las elecciones legislativas de mayo, la presión militar, junto al descontento popular por la lenta evolución de la reforma económica, continuaron amenazando su gobierno. Las fuerzas de las bases de Estados Unidos ayudaron al Ejército del gobierno filipino a sofocar un intento de golpe de Estado en diciembre de 1989. En 1991, los daños ocasionados por la erupción del monte Pinatubo en Luzón central hicieron que los Estados Unidos abandonaran la base aérea de Clark; el Senado filipino se negó a renovar el contrato de la única base que les quedaba a los Estados Unidos en la bahía de Subic, y así se cerró en noviembre de 1992. Por primera vez en su historia, el país se enfrenta a un futuro sin la protección económica y militar de Estados Unidos. A pesar de no haber tenido un desarrollo económico como sus vecinos del Lejano Oriente y de la permanencia de las guerrillas comunistas y musulmanas, el sistema democrático parece firmemente establecido. Aquino, incapacitada por la Constitución para presentarse a un segundo mandato, optó por apoyar en las elecciones presidenciales de mayo de 1992 a su ministro de Defensa, Fidel Ramos, quien, tras ganar por un estrecho margen a su rival, se convirtió en el primer presidente no católico de Filipinas.
Ramos llevó a cabo un ambicioso programa de reformas económicas. Los ciudadanos tuvieron ocasión de demostrar su respaldo a los planes del nuevo presidente en las elecciones legislativas de 1995, en las que los candidatos de los partidos políticos que sustentaban a Ramos (NUCD, Lakas, PDP-Laban) obtuvieron la mayor parte de los escaños en liza.
Por lo que se refiere a la violencia política, durante la primera mitad de la década de 1990 se asistió a un incremento de la actividad guerrillera en el sur de Filipinas llevada a cabo por fuerzas separatistas musulmanas. En septiembre de 1996 el gobierno alcanzó un acuerdo de paz con uno de los grupos rebeldes más importantes, el Frente Moro de Liberación Nacional. Mediante el acuerdo se estableció la Zona Especial para la Paz y el Desarrollo (SZPD en sus siglas en inglés), que englobaba las 14 provincias en las que se divide la conflictiva isla de Mindanao. El acuerdo incluía asistencia económica con el fin de lograr el desarrollo de una de las regiones más pobres del archipiélago. Otros grupos rebeldes, como el Frente Nacional Democrático o el Frente Moro Islámico de Liberación, mantuvieron su resistencia armada al gobierno filipino, pese a que durante 1997 y 1998 ambas partes habían logrado acuerdos parciales para iniciar las conversaciones de paz.
En 1997 se asistió a la tentativa, por parte de los seguidores de Ramos, encaminada a enmendar la Constitución filipina para así permitir que el presidente del país lograra un segundo mandato consecutivo. Corazón Aquino y el cardenal Jaime Sin, que había tenido un gran ascendente sobre el Movimiento del Poder Popular —que había provocado la caída de Marcos en 1986— denunciaron los intentos de modificación constitucional. Ante la creciente oposición manifestada por miles de ciudadanos a través de protestas callejeras, Ramos y la coalición gobernante optaron por apoyar a José de Venecia, presidente la Cámara de Representantes, en las elecciones presidenciales celebradas en mayo de 1998. No obstante, los comicios fueron ganados por Joseph Estrada, vicepresidente durante el mandato de Ramos y antiguo actor y director cinematográfico, que tomó posesión del cargo en julio de ese año.
El Frente Moro Islámico de Liberación, y Abu Sayyaf (grupo radical que pretendía la secesión de Mindanao y su conversión en una república islámica), incrementaron a partir de abril de 2000 su actividad terrorista con una campaña de secuestros a gran escala en las islas de Basilán y Joló que agravó la crisis en que se veía inmerso el gobierno de Estrada. En octubre de 2000, Luis Singson, gobernador de Ilocos, denunció que el presidente había recibido importantes sumas de dinero procedentes del jueteng (un juego ilegal) y de una empresa a cambio de favores fiscales; la cámara baja promovió y aprobó la incoación del proceso de destitución presidencial, iniciado en diciembre en el Senado bajo las acusaciones de corrupción, soborno y vulneración de la Constitución. De forma simultánea, las manifestaciones pidiendo la renuncia de Estrada se sucedieron, fomentadas por sectores de la coalición que sostenían su gobierno (muy especialmente la vicepresidenta Gloria Macapagal Arroyo, hija de Diosdado Macapagal), por los ex presidentes Corazón Aquino y Fidel Ramos, y por la Iglesia católica (a través de Jaime Sin). Esta presión popular, la dimisión en bloque de su gobierno y la progresiva pérdida de apoyo en los entornos político y militar, forzaron a Estrada a dimitir el 20 de enero de 2001. Ese mismo día juró como presidenta de la República Macapagal Arroyo, quien vio reforzada su situación en las elecciones legislativas celebradas en el siguiente mes de mayo, cuando los candidatos que ella apoyaba pasaron a controlar la cámara alta.
Muy poco después de acceder a la presidencia, Gloria Macapagal suspendió las operaciones bélicas contra el Frente Moro Islámico de Liberación y abordó una política de reconciliación entre el gobierno y esta organización. En agosto de 2001 ambas partes firmaron un acuerdo de alto el fuego, que sirvió de preludio a una serie de negociaciones de paz en las que Malaysia actuó como intermediario. En cambio, el nuevo ejecutivo continuó ejerciendo medidas militares contra Abu Sayyaf, protagonista de numerosas acciones terroristas. En julio de 2002, un contingente militar de Estados Unidos pasó a colaborar con el Ejército de Filipinas en la lucha contra Abu Sayyaf (el gobierno de George W. Bush consideraba que podía mantener algún tipo de vínculos con la red terrorista internacional de Osama bin Laden). La violencia resurgió con fuerza en octubre de 2002, mes en el que el país se vio sacudido por una oleada de cruentos atentados con bomba que fueron atribuidos al radicalismo islámico. En julio de 2003, aproximadamente 300 militares se encerraron en un centro comercial de Manila, realizando fuertes acusaciones contra el gobierno de Gloria Macapagal; aunque no tuvo consecuencias, el motín mostró el clima de creciente inestabilidad. Asimismo, en diciembre de 2003, ante el incremento de secuestros en el país, la presidenta restableció la pena de muerte (que ella misma había suspendido indefinidamente en octubre de 2002).
En las elecciones presidenciales que tuvieron lugar el 10 de mayo de 2004, se impuso Gloria Macapagal; su principal opositor en las urnas fue el actor Fernando Poe, quien denunció las presuntas irregularidades que se habrían cometido en el proceso electoral. La presidenta anunció que sus principales objetivos durante los siguientes seis años serían combatir la pobreza y alcanzar la reconciliación nacional. Una nueva grave crisis política se abrió en julio de 2005, al retirarse el Partido Liberal de la coalición gubernamental y, a continuación, dimitir diversos ministros que reclamaron la renuncia de Macapagal Arroyo, involucrada en sendos casos de fraude electoral y corrupción. Sin embargo, la presidenta decidió conformar un nuevo gobierno. En febrero de 2006, Macapagal Arroyo declaró el estado de emergencia nacional luego de afirmar que se había desbaratado un intento de golpe de Estado. En junio de ese mismo año, la presidenta firmó la disposición legal, previamente aprobada en el Parlamento, que abolía la pena de muerte. A finales de noviembre de 2007, un grupo de militares protagonizó una nueva intentona para lograr la dimisión de una presidenta cada vez más cercada por las acusaciones de corrupción sobre su gestión.